очень просто: хороший канал связи (скорее всего, спутниковый) + the Global Positioning System (GPS)
эти же беспилотники не подводные, а погруженные, небольшая "надстройка" над поверхностью воды.
вот с полностью подводными - там сложности. в основном со связью, т.е. с управлением